Je možné používat pro webové aplikace jako je OWA kromě doménových certifikátů i certifikáty třetích stran. Jsou jak placené, cena kolem 40 dolarů na jeden či dva roky, tak i free. Výhoda je jednoznačná, není potřeba distribuovat doménové certifikáty po jednotlivých počítačích uživatelů, protože certifikační autorita není na Vašem serveru, ale je dostupná pro každého přes web.
1) Je nutné certifikát naimportovat do IIS. Spusťte Správce Internetové informační služby, dále vyberte Váš server a klikněte na Certifikáty serveru. Zde přes Importovat přidejte Váš certifikát.
2) Přes Windows SBS Console vyberte Přidat důvěryhodný certifikát, klikněte na Chci použít certifikát, který je již na serveru nainstalován (pokud již tam nějaký máte, pak musíte předtím ještě vybrat Chci nahradit stávající certifikát novým certifikátem). Vyberte Váš nový certifikát a dokončete průvodce. Nyní je nový certifikát plně funkční.